Depois disso, todo tranquilo fui testar o computador e percebi que ao rodar os programas a seguinte mensagem era exibida:
"O subsistema necessário para suportar o tipo de imagem não está presente."
Fiquei muito intrigado e fui testar diversos programas e então percebi que eram apenas os programas de 32bits que não funcionavam, logo pensei que o vírus teria apagado ou desativado a camada de emulação de 32bits do windows. Após muita pesquisa descobri que só era possível desabilitar o WOW64 em sistemas de servidor, então fiquei ainda mais intrigado e então resolvi usar a ferramenta sfc que verifica os arquivos dll do sistema e os recupera quando necessário.
Me desanimei depois de rodar algumas vezes porque o sistema sempre dava a mensagem de que havia recuperado algumas mas não todas, depois de executá-lo diversas vezes deu resultado, ele recuperou todas as dll's e o sistema voltou a funcionar.
Eram realmente vírus bem destrutivos, o sistema só não parou de funcionar completamente porque por motivos de compatibilidade assim como muitos programas atuais os vírus são feitos para arquiteturas de 32bits, mas o windows 64bits isola os processos de 32 bits em um ambiente virtual emulado e foi por isso que o computador foi revivido e pude recuperá-lo.
Após a recuperação passei o CCLeaner que acusou 1286 erros e instalei o Comodo Antivírus para me assegurar que problemas como esse não mais ocorrerão.
Caso alguém passe por isso, essa é uma das soluções, a outra menos elegante é o famigerado format c: